Function to fit the elastic net penalization model to the data. This model penalizes the interaction between the covariates and the treatment but leaves unpenalized the main effects.
Usage
elastic_net(
resp,
trt,
subgr,
covars,
data,
resptype = c("survival", "binary"),
alpha,
status = NULL
)Arguments
- resp
(
string)
the response variable name.- trt
(
string)
the treatment variable name. The treatment variable must be a factor with 2 levels where the first level is the control and the second one the treatment.- subgr
(
character)
vector with the name of the subgroup variables from which we want to obtain the subgroup treatment effect. They have to befactorvariables with the subgroups as levels.- covars
(
character)
vector with the name of the variables that we want to include in the model. They have to befactorvariables with the subgroups as levels. Thesubgrvariables have to be included here.- data
(
data frame)
the data frame with the variables.- resptype
(
string)
the type of data used. Can be "survival" or "binary".- alpha
(
scalar)
the elastic net mixing parameter with values between 0 and 1. The special case ofalpha=1 corresponds to a lasso penalty and the case ofalpha=0 to a ridge penalty.- status
(
string)
only for "survival"resptype, the status variable name in survival data.
Examples
elastic_net(
"tt_pfs", "arm", c("x_1", "x_2"), c("x_1", "x_2", "x_3"),
example_data, "survival", 1, "ev_pfs"
)
#> $fit
#>
#> Call: glmnet::cv.glmnet(x = design_matrix, y = survival::Surv(data[[resp]], data[[status]]), family = "cox", penalty.factor = penalty_factor, alpha = alpha)
#>
#> Measure: Partial Likelihood Deviance
#>
#> Lambda Index Measure SE Nonzero
#> min 0.006811 1 14.83 0.1312 5
#> 1se 0.006811 1 14.83 0.1312 5
#>
#> $model
#> [1] "elastic_net"
#>
#> $resptype
#> [1] "survival"
#>
#> $data
#> id arm x_1 x_2 x_3 x_4 x_5 x_6 x_7 x_8 x_9 x_10 tt_pfs ev_pfs
#> 1 1 0 b a b b d b b c b c 0.979498732 1
#> 2 2 0 b b a a d a a b a c 3.476191848 0
#> 3 3 0 a a b c a b b a b c 1.794663841 1
#> 4 4 0 a a a c a b b c b c 0.019712920 1
#> 5 5 1 b a b c d b b c b c 2.216765148 0
#> 6 6 1 a b b c a a a c a a 2.324199624 0
#> 7 7 1 a b b c c b a a a b 3.082556300 0
#> 8 8 1 b a a a d b b a b b 1.250501391 0
#> 9 9 1 b b b c d b b b b b 2.533054867 0
#> 10 10 0 a b b c c b b c b c 2.321689305 0
#> 11 11 0 a b b c a b b b b c 1.163695734 0
#> 12 12 0 a a a b c a a b b a 2.327617746 0
#> 13 13 1 b b b c d b b c b a 1.557345104 0
#> 14 14 0 b a b c d b a b b b 3.279062328 0
#> 15 15 1 b b b c d b b c b b 0.258456717 1
#> 16 16 1 b b b c c a b b b b 2.994460463 0
#> 17 17 0 b a a c d a b c b b 3.677546230 0
#> 18 18 1 b a b b d b a a a c 3.174681265 0
#> 19 19 0 a b a a c b b b b c 1.485011801 1
#> 20 20 0 a b b a b b a b b a 2.513046296 0
#> 21 21 1 b a a b d b b c b b 2.905220468 0
#> 22 22 1 b b b a a b b c b c 1.395111958 1
#> 23 23 0 a b b a d b b c b c 0.749298059 1
#> 24 24 1 b b b b d b b c b c 0.411565826 1
#> 25 25 1 b b b b c a b c b c 4.133184389 0
#> 26 26 0 b a b b d b a a b c 2.605405316 0
#> 27 27 0 a b b a b a a c b c 0.925607213 1
#> 28 28 1 a b b a d b b c b a 1.415933688 0
#> 29 29 1 b b b c b b b b a b 2.730121392 0
#> 30 30 1 a b a a a b b b b c 1.834961029 0
#> 31 31 0 a a b c a a b c b b 0.180409590 0
#> 32 32 1 b b b c c b b b b a 3.609689554 0
#> 33 33 1 b a b b d a a a b b 2.094657864 1
#> 34 34 1 a b b b b a a c b b 3.682572402 0
#> 35 35 0 a b b c b a b c b c 2.576083283 0
#> 36 36 1 a b b b b b b c b c 1.204526777 0
#> 37 37 1 b b b a a a b a b c 3.667869977 0
#> 38 38 0 a b b b c a a b b b 3.092556613 1
#> 39 39 1 a b b a d b b c b c 2.357560078 0
#> 40 40 1 b b b b c b b a a c 0.036191869 1
#> 41 41 1 a a b c c b b b b c 0.234841473 0
#> 42 42 0 a a b b d a a c b c 0.587647308 1
#> 43 43 0 a b b a d b b b a c 1.261205134 0
#> 44 44 1 b b b c d a a c b a 1.249009087 0
#> 45 45 0 a a b c d a a c a a 3.640314055 0
#> 46 46 1 a b a c c b b b a a 1.243406125 0
#> 47 47 0 b b b b a a b b a a 2.322889097 0
#> 48 48 0 a a b b b b b c b c 1.823543570 0
#> 49 49 0 b b b b a b b c b c 4.056354659 0
#> 50 50 0 b b b b a a a b b c 1.341769347 0
#> 51 51 1 b b b b d b b a b c 2.651151680 0
#> 52 52 0 b b a a d a b c b a 1.298521998 0
#> 53 53 0 a a b c a b b c b c 1.626243873 1
#> 54 54 0 b a b c b a a a a b 2.452561401 0
#> 55 55 0 a b a c d a b c b b 0.848998456 1
#> 56 56 0 a b b b d a b b b c 1.400157230 0
#> 57 57 0 a b b c d b a c b c 2.045072306 0
#> 58 58 0 b a a c c a b a b c 2.610763836 0
#> 59 59 1 b b b c d b b b a a 1.731573992 0
#> 60 60 0 a a b c a b a a a b 1.719964435 0
#> 61 61 0 a b b c d a b b b c 3.136375958 0
#> 62 62 0 b a a c d b b c b c 1.955358932 1
#> 63 63 1 a b a a c b b c b a 1.829136482 1
#> 64 64 0 a b b b d a b c b b 3.734177186 0
#> 65 65 1 a b b a c b b c b a 0.662259042 1
#> 66 66 1 b b b b c b a a b c 2.747751379 0
#> 67 67 1 a a a b d a b b a b 2.355779405 0
#> 68 68 1 b b b c a a a c b c 1.255595290 0
#> 69 69 0 a b a c b b b b a c 0.466405591 1
#> 70 70 1 b b b c c a a a b c 2.561694645 0
#> 71 71 0 b b b a d b b b b c 1.405106136 0
#> 72 72 0 b b b c c b b b b c 1.997595510 0
#> 73 73 1 b b a c b b b b b b 3.037549368 0
#> 74 74 1 b b b a c b b c b b 2.753225398 1
#> 75 75 1 a a a b c b a c b c 2.479194577 1
#> 76 76 1 a a b b d b b b b c 2.681556612 1
#> 77 77 1 b a b a d b a c b c 3.225931104 0
#> 78 78 1 a b b c d b b b b b 1.841309082 1
#> 79 79 1 b b b c d b b b b a 2.877211953 0
#> 80 80 1 b b b a b b b b a a 2.292173580 0
#> 81 81 0 b a b a c b b b b a 0.607461570 1
#> 82 82 1 b a b c a a a a b b 3.014991436 0
#> 83 83 0 b b b a d b b c b c 2.162697510 1
#> 84 84 1 a b b a b a b b b b 3.274838086 1
#> 85 85 1 b b b c d b a b b b 3.872389941 0
#> 86 86 0 b a a b d b b c a c 2.251539409 1
#> 87 87 1 a a b c d b b c b c 3.910779387 0
#> 88 88 0 a a b a d a b b b b 3.095598311 1
#> 89 89 1 a b b b c b b b b c 2.248697100 0
#> 90 90 1 b b b a c a b c b b 2.294192665 0
#> 91 91 0 b a a a c b a a b c 2.592737579 1
#> 92 92 0 b b b c d a a c b a 2.265549472 0
#> 93 93 1 b b a a c b b c b c 3.844342304 0
#> 94 94 0 a a b b c a a a a b 0.790516156 1
#> 95 95 0 a b b b a b b c b c 1.533211884 0
#> 96 96 0 a b a b c b b b b b 2.352416722 1
#> 97 97 1 b a b c c a a b b b 1.239632165 1
#> 98 98 0 a a b a d a b a b c 3.413484766 0
#> 99 99 0 a a b c a b b b b c 1.715824780 0
#> 100 100 0 b a a a d b a c b c 3.606632369 0
#> 101 101 1 b b b a d b b c b c 0.382010490 0
#> 102 102 0 a b a b d a a a b a 3.751110080 0
#> 103 103 1 b a b c d b a c b b 1.444109305 1
#> 104 104 0 a a b c c b a c b b 1.650184458 0
#> 105 105 0 b b b b a b b b a b 4.141721915 0
#> 106 106 0 b a b a d b b c b c 2.987760139 0
#> 107 107 0 b b b a d b a a b a 1.920696468 0
#> 108 108 1 b b b a d a a c b c 1.493149543 0
#> 109 109 1 b a b a c b a a a b 3.224818711 0
#> 110 110 1 a a a a d b b c b c 3.804687148 0
#> 111 111 0 a a a b a b b c b b 2.423242062 0
#> 112 112 0 a a b a c a b b a b 1.179798517 1
#> 113 113 1 b b a c a b b b b c 3.034114442 1
#> 114 114 0 a b b a d b b c b b 3.536220474 0
#> 115 115 1 a a b c d b b c a b 3.112235791 0
#> 116 116 1 b b b a c a b a b c 1.042752681 1
#> 117 117 1 b a b c d b b c a b 1.320373644 1
#> 118 118 1 a b b b a b b c b b 1.425618873 0
#> 119 119 0 b b b b c b a c b c 3.353897151 1
#> 120 120 0 a b b a d b b c b b 1.268393170 1
#> 121 121 1 b b b b c a a c a c 3.372124037 0
#> 122 122 1 a a b a c b b c b b 2.387792409 0
#> 123 123 1 b a a b c b a c b a 1.556245162 1
#> 124 124 1 b a b a d b b c b a 2.296228510 0
#> 125 125 1 b b b a b b b a a a 3.550667871 0
#> 126 126 0 a a b a b b a b b c 1.215999609 0
#> 127 127 0 b b b c a a a c b c 1.335441662 0
#> 128 128 0 a b a c d b b b b c 1.359221741 0
#> 129 129 0 b b b b b b b c a b 3.012353070 0
#> 130 130 0 a b b b c b b c b b 2.798760954 1
#> 131 131 0 a b b b a a a a b c 1.465784428 1
#> 132 132 0 b b b c d a b c b b 3.165649739 0
#> 133 133 0 b a b c a b b c b c 2.973984759 0
#> 134 134 1 a b b a d b b a a b 0.873753598 0
#> 135 135 0 a b b b d a a b b b 1.282714146 0
#> 136 136 1 b b b b a a a a a c 1.421097437 0
#> 137 137 0 a a b b b b a b b a 3.291128141 1
#> 138 138 1 b a a c d b b b b a 3.434366958 0
#> 139 139 0 b a a c a a a a a b 1.423858315 0
#> 140 140 0 a a a a d b b a b a 1.442090895 1
#> 141 141 0 a a b a a a a c b c 3.225628939 0
#> 142 142 0 a b b b d b a a b b 1.425295888 0
#> 143 143 0 b b b a c b b c b b 3.257421825 0
#> 144 144 0 b b b b d a a a a b 0.208831749 1
#> 145 145 0 a b b b d b a c a b 1.738549073 0
#> 146 146 0 b b b c d b b c b b 3.420277860 0
#> 147 147 1 b b b b a b b b b a 1.537073242 0
#> 148 148 1 a a b b a a b c b c 2.187943666 0
#> 149 149 0 a b a b b b b c b c 1.981761839 1
#> 150 150 1 b b b a d b a b b a 3.889170438 0
#> 151 151 1 a b a c c a a a b c 2.259858399 0
#> 152 152 0 a b b c d a b a a a 2.736151236 0
#> 153 153 1 b b b a c b a c b a 3.462722880 0
#> 154 154 1 b b b a b b a c b c 3.647719519 0
#> 155 155 0 b b b a d a a b b c 1.586994628 0
#> 156 156 0 a b b c c a a c b b 1.735749720 1
#> 157 157 0 b a b c c b b a b a 1.644806151 0
#> 158 158 1 a b b c c a b c b b 1.881330444 0
#> 159 159 0 a b a a a b b c b b 3.941598676 0
#> 160 160 0 a b b b c b b c a c 1.024647409 1
#> 161 161 1 b a b c c b a b b b 2.164948961 0
#> 162 162 1 b b a b b a a c b b 1.573016535 0
#> 163 163 0 a a b a d a b c b c 4.042076603 0
#> 164 164 1 a a b c a b b c b c 2.308520972 0
#> 165 165 0 b a a b b b a c b c 3.560321281 0
#> 166 166 1 b b b c d a a b b c 3.821655032 0
#> 167 167 0 b a b b a b b c b b 3.348169608 0
#> 168 168 0 a b b a b b b c b c 0.855315494 1
#> 169 169 1 a b a c c a b b b b 0.399445394 1
#> 170 170 1 a a b a c b a c a b 2.754753920 0
#> 171 171 1 b b b a b a b b b c 1.683824513 0
#> 172 172 0 b b b a a b a c b a 0.664252100 1
#> 173 173 0 a b b c c a a c b b 1.225418381 0
#> 174 174 0 b b a b d a a c a b 2.052165401 0
#> 175 175 0 a a a c a a b b b a 3.893238385 0
#> 176 176 1 b b b a d b b a b b 2.719518226 0
#> 177 177 1 b b a c d b a a a a 2.814086079 0
#> 178 178 0 a a b b c a b b b a 3.125743607 0
#> 179 179 1 b b b c c a b c a c 3.168227731 0
#> 180 180 1 a b b c d a a b a a 3.946302453 0
#> 181 181 1 a a b b c b b c a c 1.173344950 0
#> 182 182 0 b a b c a b b c b b 2.429282547 1
#> 183 183 1 b a b a d b a b b b 2.650199801 0
#> 184 184 1 a b b c d a b a b c 2.476959355 0
#> 185 185 1 b b b c d a b b b c 1.179992915 0
#> 186 186 0 b b b c d a b b b b 2.234263673 0
#> 187 187 0 a b a b d b b a b c 1.386127357 1
#> 188 188 1 a a b b d b b b b a 3.194935179 0
#> 189 189 0 a b b a d a b b b b 4.047532163 0
#> 190 190 0 a a a a d a a b b c 4.049164846 0
#> 191 191 0 b a a a c b b c b c 2.370213936 0
#> 192 192 0 b a b c c a b b b c 2.175779457 0
#> 193 193 0 a a b a d a a c b c 1.731241612 1
#> 194 194 1 b b b c d a a b a b 2.952289037 0
#> 195 195 0 a a b b a b b c b c 1.351545711 1
#> 196 196 1 a a b c b b b c b c 3.402068211 0
#> 197 197 1 b b a c a b a c b a 1.708395166 0
#> 198 198 0 b b b b d b b b b b 1.837236536 0
#> 199 199 0 a b b b c b a c b b 1.650132711 0
#> 200 200 0 b b b a b b a c a c 1.964878347 0
#> 201 201 1 a b b b c b b c a b 1.646174945 0
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